小李想去日本。と思っています是表示对他人的尊重，是第三人称的心理活动，不能简单理解为“我”认为小李想去日本。
因为「李さんは日本へ行きたいです」这种说法是自己对他人的心理活动下定论，不能体现对他人的尊重和客观，所以用「と思っています」表达对他人的尊重语气。